นายคงกฤษ เริ่มเข้าสู่เส้นทางการเมือง โดยเริ่มจากการเมืองท้องถิ่น ด้วยการเป็นนายกองค์การบริหารส่วนจังหวัดระนอง ในปี 2555 - 2561[3]

ต่อมาได้เข้าสู่การเมืองระดับชาติ โดยลงสมัครเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดระนอง เขต 1 ในนามพรรคภูมิใจไทย โดยได้รับคะแนน 36,361 คะแนน ชนะนายวิรัช ร่มเย็น อดีต ส.ส. 8 สมัยจากพรรคประชาธิปัตย์ ที่ได้คะแนนไปเพียง 17,606 คะแนน

สมาชิกสภาผู้แทนราษฎร

นายคงกฤษ ฉัตรมาลีรัตน์ ได้รับการเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรมาแล้ว 1 สมัย คือ

1. การเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2562 จังหวัดระนอง สังกัดพรรคภูมิใจไทย